eliminazione dai prodotti alimentari dei residui di insetticidi, fungicidi, composti chimici in genere che vengono normalmente utilizzati nell' agricoltura tradizionale;

eliminazione dagli alimenti dei composti che possono provocare allergie o intolleranze;

cibo con migliorate capacità nutrizionali (più vitamine, ferro, amminoacidi).

Il minore utilizzo di prodotti chimici è sicuramente un vantaggio anche per animali e piante .

Coltivazioni con resa più elevata per unità di superficie (ciò è anche un vantaggio per l' ambiente, perché si ridurrebbe la domanda di nuovi terreni agricoli altrimenti ottenibili attraverso il disboscamento).

Le migliori capacità nutrizionali, e cibi arricchiti in vitamine o altri composti potrebbero sopperire a diete sbilanciate.

possibilità di allergie alimentari dovute alla produzione di proteine allergeniche;

possibilità di trasferimento di geni che inducono la resistenza agli antibiotici a batteri patogeni per l' uomo o altre specie animali o vegetali.

rischio di incrocio tra piante geneticamente modificate con altre specie non trasgeniche, con possibilità di trasferire ad erbe infestanti la capacità di resistenza agli erbicidi;

la creazione di piante che producono tossine contro gli insetti parassiti genera il timore che questi ultimi possano adattarsi col tempo dando origine a popolazioni di "superinsetti", inoltre anche quelle specie di insetti ritenute utili potrebbero essere colpite.

Non è detto che l' uso di erbicidi effettivamente possa diminuire, il fatto che queste sostanze non andrebbero a danneggiare le colture potrebbe spingere gli agricoltori ad usarne in quantità maggiori (a vantaggio solo delle multinazionali agrochimiche).

Effetti devastanti sulla biodiversità, organismi transgenici con caratteristiche acquisite che li rendono più "forti" avrebbero un vantaggio competitivo su organismi normali, ciò potrebbe mettere a rischio di estinzione molte specie animali e vegetali.